Projekty
Tu dodałem programy w których uczestniczyłem. Większość z nich wynikali z badan bioinformatycznych. W trakcie używałem różne techniki do rozwoju oprogramowania, między innymi Kanban, User Stories, lub UML.
ModeRNA - modelowanie struktur RNA w 3D
ModeRNA jest programem do modelowania struktur RNA na podstawie homologicznych szablonów. Zawiera dużo funkcji do manipulacji struktur kwasów nukleinowych.
[ PubMed abstract ]
REPAIRtoire
Baza danych REPAIRtoire zawiera ośiem sczieżek do naprawy DNA z wybranych organizmów. Adnotuje szcieżki w interaktywnych wykresach oraz zawiera informacje o wielu białek, uszkodzen, chorobach związane z naprawą DNA.
[ PubMed abstract ]
Modomics - Baza danych o modyfikowanych nukleotidach w RNA
Modomics jest uniwersalną zasobą o naturalnie występujących modyfikacji nukleotydów w RNA. Zawiera więcej niż 100 modyfikacji, szcieżki ich syntezy, opisy enzymów, i sekwencje RNA z modyfikacjami (tRNA, rRNA, oraz snRNA).
[ PubMed abstract ]
http://www.biotnet.org
Strona Bioinformatics Training Network
ISCB-SC RSG Polska
Grupa rejonalna studentów bioinformatyki, dla której jestem doradzcą akademickim.
en.bioinformatyk.eu
Magazyn internetowy studentów bioinformatyki w Poznaniu dla studentów na całym świecie..
LaJolla
LaJolla to szybki algorytm do szukanie substruktur RNA na podstawie podobienstwa. Używa indeks na podstawie n-gramów i zwraca trójwymiarowych superpozycji do znależionych substruktur.
[ PubMed abstract ]
Knotted2Nested
Serwer Knotted2Nested usuwa pseudowęzłe z listy par zasad danego RNA, używając różne algorytmy. Zwraca strukturę 2D bez pseudowezłów w foracie dot-bracket.
[ PubMed abstract ]
Voronoia
Voronoia to progra do analizy pakowania struktur 3D białek. Liczy gęstość pakowania i znajdzie dziurki wewnętrzne w strukturze. Voronoia jest dostępny jako web serwer, samodzielny program oraz wtyczka do PyMOLu.
[ PubMed abstract ]
eMovie PyMOL Plugin
eMovie to wtyczka do PyMOLu, z którą można edytować filmy ze strukturami, ustalić ruchy kaemry i komendy PyMOLu w szczególnych momentach.
[ PubMed abstract ]rTools wtyczka do PyMOLa
To starsza kolekcja wtyczek do PyMOLu. Pozwala to na użycia programów DSSP oraz HBExplore, wspiera animacje i wywołanie często używanych skryptów.
Frutris - reszta to owoce
Frutris to gra podobna do Tetris, w którym gracz sortuje owoce z celem ich zlikwidowania. Gra została napisana w języku Python i używa bibliotekę Pygame.
Biopython
Okazjonalnie piszę kod dla biblioteki Biopython.
Pycogent
Okazjonalnie piszę kod dla biblioteki Pycogent.