Software
Hier sind Programme aufgelistet, an deren Entwicklung ich beteiligt war. Die meisten sind im Rahmen von Forschungsprojekten aus der Bioinformatik entstanden. Dabei kamen viele verschiedene Techniken zur Softwareentwicklung zur Anwendung, zum Beispiel Kanban, User Stories, oder UML.
ModeRNA - Modellierung von RNA 3D-Strukturen
ModeRNA ist ein Programm das Homologiemodelle von RNA-Strukturen baut. Es benötigt eine bekannte Struktur als Vorlage und ein Sequenzalignment und erstellt daraus eigenständig ein 3D-Modell. Ausserdem stellt ModeRNA viele Funktionen zum Analysieren und Manipulieren von RNA-Strukturen bereit.
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REPAIRtoire
Die Datenbank REPAIRtoire enthält Annotation zu acht DNA-Reparaturpfaden in ausgewählten Organismen. Sie stellt die Pfade als interaktive Diagramme dar, und listet viele Proteine, DNA-Schäden , Krankheiten des DNA-Reparaturmetabolismus etc. auf.
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Modomics - Datenbank für modifizierte RNA-Nukleotide
Modomics ist eine umfassende Datenbank über natürlich modifizierte RNA-Nukleotide. Sie enthält eine Liste von über 100 Modifikationen, ihre Synthesewege, Beschreibungen der beteiligten Enzyme und Sequenzen von modifizierter RNA (tRNA, rRNA und snRNA).
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LaJolla
LaJolla ist ein schneller Algorithmus zur Suche ähnlicher RNA-Substrukturen. Er verwendet n-gram basierte Indices und produziert eine Reihe von 3D Strukturueberlagerungen von gefundenen Substrukturen.
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Knotted2Nested
Der Knotted2Nested Webserver bietet verschiedene Algorithmen an, um Pseudoknoten aus einer Liste von Basenpaaren zu eliminieren. Er produziert 2D-Strukturen ohne Knoten, die in der Punkt-Klammer-Notation dargestellbar sind.
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RNA @ Biopython
Ich habe diverse Branches zur Biopython-Bibliothek implementiert. Einige sind kleinere Bugfixes, andere fügen Funktionen zur Arbeit mit RNA-Daten hinzu.
Voronoia
Voronoia ist ein Programm, das die Packung von Proteinstrukturen untersucht. Es kann sowohl Packungsdichten berechnen, als auch Höhlungen im Proteininneren finden und ausgeben. Voronoia ist als Webserver, eigenständiges Programm und als PyMOL-Plugin lauffähig.
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SuperHapten
Haptene sind kleine Moleküle die eine Immunreaktion auslösen während sie im Körper an eigentlich unbeteiligte Proteine gebunden sind. Die SuperHapten Datenbank enthält mehr als 1000 2D- und 3D-Strukturen solcher Haptene.
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eMovie PyMOL Plugin
eMovie is ein Werkzeug für den Molekülviewer PyMOL, in dem Filmsequenzen editiert werden können. Bewegungen der Kamera und normale PyMOL-Kommandos lassen sich definierten Frames zuordnen.
[ PubMed abstract ]rTools PyMOL Plugin
Dies ist eine ältere aber beliebte Sammlung von Plugins für PyMOL. Sie erlaubt Programme wie DSSP und HBExplore aus PyMOL zu verwenden, Animationen zu erstellen, und häufig benötigte Skripten aufzurufen.
Frutris - alles andere ist nur Obst
Frutris ist ein Tetris-artiges Spiel bei dem gleiche Früchte nebeneinander gestapelt werden müssen. Es wurde vollständig in Python geschrieben und verwendet die Pygame-Bibliothek.
tilegamelib
Tilegamelib ist eine Python-Bibliothek mit der 2D-Spiele mit Grafik aus quadratischen Teilen geschrieben werden können. Sie enthält Pac and Snake zwei einfache Beispiele. Die Bibliothek verwendet Pygame.